Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Go!Zilla unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Go!Zilla unterstützten Basisdateien sind .PART. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Go!Zilla zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Go!Zilla verwendet werden.
Mit Go!Zilla können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Go!Zilla öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Go!Zilla unterstützten Dateiformat zu speichern.