Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GoodReader unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GoodReader unterstützten Basisdateien sind .PDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GoodReader zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GoodReader verwendet werden.
Mit GoodReader können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GoodReader öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GoodReader unterstützten Dateiformat zu speichern.