Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GnuPG unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GnuPG unterstützten Basisdateien sind .GPG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GnuPG zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GnuPG verwendet werden.
Mit GnuPG können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GnuPG öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GnuPG unterstützten Dateiformat zu speichern.