Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Gephi unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Gephi unterstützten Basisdateien sind .GRAPHML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Gephi zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Gephi verwendet werden.
Mit Gephi können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Gephi öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Gephi unterstützten Dateiformat zu speichern.