Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GenoPro unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GenoPro unterstützten Basisdateien sind .GNO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GenoPro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GenoPro verwendet werden.
Mit GenoPro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GenoPro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GenoPro unterstützten Dateiformat zu speichern.