Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Genome Browser unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Genome Browser unterstützten Basisdateien sind .BED. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Genome Browser zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Genome Browser verwendet werden.
Mit Genome Browser können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Genome Browser öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Genome Browser unterstützten Dateiformat zu speichern.