Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GeneMapper unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GeneMapper unterstützten Basisdateien sind .SER. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GeneMapper zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GeneMapper verwendet werden.
Mit GeneMapper können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GeneMapper öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GeneMapper unterstützten Dateiformat zu speichern.