Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Genecyst unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Genecyst unterstützten Basisdateien sind .GS3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Genecyst zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Genecyst verwendet werden.
Mit Genecyst können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Genecyst öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Genecyst unterstützten Dateiformat zu speichern.