Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GeneChip Instrument System unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GeneChip Instrument System unterstützten Basisdateien sind .GRC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GeneChip Instrument System zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GeneChip Instrument System verwendet werden.
Mit GeneChip Instrument System können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GeneChip Instrument System öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GeneChip Instrument System unterstützten Dateiformat zu speichern.