Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GanttProject unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GanttProject unterstützten Basisdateien sind .GAN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GanttProject zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GanttProject verwendet werden.
Mit GanttProject können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GanttProject öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GanttProject unterstützten Dateiformat zu speichern.