Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Fuse unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Fuse unterstützten Basisdateien sind .TAP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Fuse zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Fuse verwendet werden.
Mit Fuse können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Fuse öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Fuse unterstützten Dateiformat zu speichern.