Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FreeFileSync unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von FreeFileSync unterstützten Basisdateien sind .FFS_GUI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FreeFileSync zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FreeFileSync verwendet werden.
Mit FreeFileSync können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FreeFileSync öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FreeFileSync unterstützten Dateiformat zu speichern.