Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FreeECG unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FreeECG unterstützten Basisdateien sind .ECG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FreeECG zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FreeECG verwendet werden.
Mit FreeECG können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FreeECG öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FreeECG unterstützten Dateiformat zu speichern.