Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Fractal Explorer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Fractal Explorer unterstützten Basisdateien sind .FR4. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Fractal Explorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Fractal Explorer verwendet werden.
Mit Fractal Explorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Fractal Explorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Fractal Explorer unterstützten Dateiformat zu speichern.