Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Football Manager 2009 unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Football Manager 2009 unterstützten Basisdateien sind .LNC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Football Manager 2009 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Football Manager 2009 verwendet werden.
Mit Football Manager 2009 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Football Manager 2009 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Football Manager 2009 unterstützten Dateiformat zu speichern.