Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FontEdit unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von FontEdit unterstützten Basisdateien sind .FNT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FontEdit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FontEdit verwendet werden.
Mit FontEdit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FontEdit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FontEdit unterstützten Dateiformat zu speichern.