Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FolderClone unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FolderClone unterstützten Basisdateien sind .FCT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FolderClone zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FolderClone verwendet werden.
Mit FolderClone können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FolderClone öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FolderClone unterstützten Dateiformat zu speichern.