Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Folder Lock unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Folder Lock unterstützten Basisdateien sind .FLK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Folder Lock zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Folder Lock verwendet werden.
Mit Folder Lock können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Folder Lock öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Folder Lock unterstützten Dateiformat zu speichern.