Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Folder Guard unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Folder Guard unterstützten Basisdateien sind .FGA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Folder Guard zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Folder Guard verwendet werden.
Mit Folder Guard können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Folder Guard öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Folder Guard unterstützten Dateiformat zu speichern.