Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlowConnect unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FlowConnect unterstützten Basisdateien sind .SEP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlowConnect zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlowConnect verwendet werden.
Mit FlowConnect können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlowConnect öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlowConnect unterstützten Dateiformat zu speichern.