Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FLOWCAL Desktop unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FLOWCAL Desktop unterstützten Basisdateien sind .FYI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FLOWCAL Desktop zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FLOWCAL Desktop verwendet werden.
Mit FLOWCAL Desktop können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FLOWCAL Desktop öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FLOWCAL Desktop unterstützten Dateiformat zu speichern.