Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Flow Charting unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Flow Charting unterstützten Basisdateien sind .GFC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Flow Charting zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Flow Charting verwendet werden.
Mit Flow Charting können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Flow Charting öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Flow Charting unterstützten Dateiformat zu speichern.