Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlexHex unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FlexHex unterstützten Basisdateien sind .HEX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlexHex zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlexHex verwendet werden.
Mit FlexHex können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlexHex öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlexHex unterstützten Dateiformat zu speichern.