Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlatOut unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FlatOut unterstützten Basisdateien sind .BFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlatOut zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlatOut verwendet werden.
Mit FlatOut können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlatOut öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlatOut unterstützten Dateiformat zu speichern.