Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlashFXP unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von FlashFXP unterstützten Basisdateien sind .FTP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlashFXP zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlashFXP verwendet werden.
Mit FlashFXP können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlashFXP öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlashFXP unterstützten Dateiformat zu speichern.