Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlashDevelop unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von FlashDevelop unterstützten Basisdateien sind .MXML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlashDevelop zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlashDevelop verwendet werden.
Mit FlashDevelop können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlashDevelop öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlashDevelop unterstützten Dateiformat zu speichern.