Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Flam3 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Flam3 unterstützten Basisdateien sind .FLAME. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Flam3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Flam3 verwendet werden.
Mit Flam3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Flam3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Flam3 unterstützten Dateiformat zu speichern.