Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FlagShip unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von FlagShip unterstützten Basisdateien sind .DBF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FlagShip zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FlagShip verwendet werden.
Mit FlagShip können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FlagShip öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FlagShip unterstützten Dateiformat zu speichern.