Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FLAC unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FLAC unterstützten Basisdateien sind .FLAC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FLAC zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FLAC verwendet werden.
Mit FLAC können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FLAC öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FLAC unterstützten Dateiformat zu speichern.