Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FITSview unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FITSview unterstützten Basisdateien sind .FIZ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FITSview zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FITSview verwendet werden.
Mit FITSview können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FITSview öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FITSview unterstützten Dateiformat zu speichern.