Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FileProtect unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FileProtect unterstützten Basisdateien sind .FPENC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FileProtect zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FileProtect verwendet werden.
Mit FileProtect können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FileProtect öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FileProtect unterstützten Dateiformat zu speichern.