Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FileMaker Pro unterstützt mindestens 31 verschiedene Dateiendungen. Die von FileMaker Pro unterstützten Basisdateien sind .SQL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FileMaker Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FileMaker Pro verwendet werden.
Mit FileMaker Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FileMaker Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FileMaker Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.