Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. File Investigator unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von File Investigator unterstützten Basisdateien sind .FIV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in File Investigator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von File Investigator verwendet werden.
Mit File Investigator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über File Investigator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von File Investigator unterstützten Dateiformat zu speichern.