Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. File-Ex unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von File-Ex unterstützten Basisdateien sind .FXI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in File-Ex zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von File-Ex verwendet werden.
Mit File-Ex können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über File-Ex öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von File-Ex unterstützten Dateiformat zu speichern.