Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FFmpeg unterstützt mindestens 14 verschiedene Dateiendungen. Die von FFmpeg unterstützten Basisdateien sind .MKV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FFmpeg zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FFmpeg verwendet werden.
Mit FFmpeg können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FFmpeg öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FFmpeg unterstützten Dateiformat zu speichern.