Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FDRTools Advanced unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FDRTools Advanced unterstützten Basisdateien sind .FDRTEMPLATES. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FDRTools Advanced zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FDRTools Advanced verwendet werden.
Mit FDRTools Advanced können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FDRTools Advanced öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FDRTools Advanced unterstützten Dateiformat zu speichern.