Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FCEUX unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von FCEUX unterstützten Basisdateien sind .NES. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FCEUX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FCEUX verwendet werden.
Mit FCEUX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FCEUX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FCEUX unterstützten Dateiformat zu speichern.