Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FaxMan Jr unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FaxMan Jr unterstützten Basisdateien sind .FMF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FaxMan Jr zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FaxMan Jr verwendet werden.
Mit FaxMan Jr können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FaxMan Jr öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FaxMan Jr unterstützten Dateiformat zu speichern.