Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FASTA unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FASTA unterstützten Basisdateien sind .FNA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FASTA zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FASTA verwendet werden.
Mit FASTA können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FASTA öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FASTA unterstützten Dateiformat zu speichern.