Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Family Atlas unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Family Atlas unterstützten Basisdateien sind .FMAP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Family Atlas zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Family Atlas verwendet werden.
Mit Family Atlas können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Family Atlas öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Family Atlas unterstützten Dateiformat zu speichern.