Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FaceMorpher unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von FaceMorpher unterstützten Basisdateien sind .FMJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FaceMorpher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FaceMorpher verwendet werden.
Mit FaceMorpher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FaceMorpher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FaceMorpher unterstützten Dateiformat zu speichern.