Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. FaceFX unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von FaceFX unterstützten Basisdateien sind .FXL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in FaceFX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von FaceFX verwendet werden.
Mit FaceFX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über FaceFX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von FaceFX unterstützten Dateiformat zu speichern.