Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EXOfactory unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von EXOfactory unterstützten Basisdateien sind .EXOPC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EXOfactory zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EXOfactory verwendet werden.
Mit EXOfactory können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EXOfactory öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EXOfactory unterstützten Dateiformat zu speichern.