Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ER Mapper unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ER Mapper unterstützten Basisdateien sind .ERS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ER Mapper zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ER Mapper verwendet werden.
Mit ER Mapper können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ER Mapper öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ER Mapper unterstützten Dateiformat zu speichern.