Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. eQuinoX unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von eQuinoX unterstützten Basisdateien sind .EQX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in eQuinoX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von eQuinoX verwendet werden.
Mit eQuinoX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über eQuinoX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von eQuinoX unterstützten Dateiformat zu speichern.