Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ePublisher unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von ePublisher unterstützten Basisdateien sind .EPB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ePublisher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ePublisher verwendet werden.
Mit ePublisher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ePublisher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ePublisher unterstützten Dateiformat zu speichern.