Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. eMusic/J unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von eMusic/J unterstützten Basisdateien sind .EMP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in eMusic/J zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von eMusic/J verwendet werden.
Mit eMusic/J können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über eMusic/J öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von eMusic/J unterstützten Dateiformat zu speichern.