Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Emergency 3 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Emergency 3 unterstützten Basisdateien sind .E3MOD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Emergency 3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Emergency 3 verwendet werden.
Mit Emergency 3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Emergency 3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Emergency 3 unterstützten Dateiformat zu speichern.