Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EMBOSS abiview unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von EMBOSS abiview unterstützten Basisdateien sind .FASTA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EMBOSS abiview zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EMBOSS abiview verwendet werden.
Mit EMBOSS abiview können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EMBOSS abiview öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EMBOSS abiview unterstützten Dateiformat zu speichern.