Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EffectEdit unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von EffectEdit unterstützten Basisdateien sind .FX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EffectEdit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EffectEdit verwendet werden.
Mit EffectEdit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EffectEdit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EffectEdit unterstützten Dateiformat zu speichern.